През учебната 2002/2003 година завършва първият випуск, работещ по Програмата “Стъпка по стъпка”. Празникът, проведен в края на учебната година, показва положителните резултати от успешното прилагане на програмата от г-жа Дунева и г-жа Ганева. През тази година в І клас се въвежда нова учебна програма. Най-големият успех за училището е постигнатото от математиците Калоян Сивков и Антон Игнатов. Калоян Сивков набира най-много точки от “Европейско Кенгуру” и е награден от МОН. На математическото състезание “Атанас Радев” Антон Игнатов заема първо място, а Калоян Сивков – ІІІ място; на математически турнир “Иван Салабашев” – Антон Игнатов се класира на І място, а Калоян Сивков – на ІІ място. В чест на 24 май от Община Ямбол двамата ученика са наградени със сребърни плакети.
През учебната 2003/2004 година Програма “Стъпка по стъпка” отбелязва десетата си година в България и петата в нашето училище. Съвместно с РИО на МОН учителите, работещи по Програма “Стъпка по стъпка”, отбелязват годишнината си с десетдневка за популяризиране на програмата сред учители от града. През учебната година се въвежда нова учебна програма във ІІ клас. Йордан Чапъров от ІV “б” клас и Радослав Комитов от ІІІ”г” клас набират най-много точки на математическото състезание “Европейско Кенгуру” и получават награди от МОН. За множество спечелени призови места в математически състезания Радослав Комитов е награден от Община Ямбол с бронзов плакет.
През учебната 2004/2005 година училището отбелязва 110-та си годишнина. Съвместно с Държавен архив – Ямбол във фоайето на Общината е подредена изложба “Ние във времето”. На откриването присъстват бивши и настоящи учители и ученици. Празничните дни от 2 до 11 май включват още базар; конкурс за най-дълга рисунка; хепънинг в центъра на града; дефиле на приказни герои, съвместно с детските градини; празнична торта. За пръв път училището дава награда за медия, отразила най-широко работата в НУ ”Св. св. Кирил и Методий”. Наградите грабват “Диана кабел” ТВ и вестник “Делник”. Учителите по Програма “Стъпка по стъпка”, съвместно с РИО на МОН, провеждат “вечерна среща” на тема: 24 май – ден на славянската писменост и култура. Заснет е филм за миналото и настоящето на училището, който е представен на концерт на училището. През учебната година се въвежда нова учебна програма в ІІІ клас. За достойно представяне на републикански и балкански състезания по акробатика Общински съвет – Ямбол награждава Венелина Петрова със Златен плакет. За високи постижения в математически състезания със сребърен плакет е награден Радослав Комитов.
През учебната 2005/2006 година е въведена новата учебна програма в ІV клас. През учебната година всички учители повишават квалификацията си като успешно завършват курс по Информационни компютърни технологии. За достойно представяне на училището и града ни в математически състезания Общински съвет Ямбол награждава Теодора Доненчева, Руслан Капелев и Пламен Комитов с бронзов плакет.