През 1981 г. училището отново е определено за базово по внедряване на новата педагогическа система І – ІІІ клас. Провежда се екмспериментално обучение на шестгодишни първокласници. През този период броят на учениците варира между 300 и 400 от І до ІІІ клас.
Учебната 1989/1990 г. е една необикновена учебна година – първата демократична и последната от тоталитарното минало. През лятото е направена желязна ограда на двора, монтирани са пейки за отдих на открито и е измазана отвън и отвътре училищната сграда.
През лятото на 1992 г. е проектирана и изпълнена парна инсталация за отопление на училищната сграда.
През учебната 1993/94 г. за първи път след толкова години ІV клас се връща към началната степен на образование.
1994 година се навършват 100 години от основаването на училището. Учебно-възпитателната работа през цялата година преминава под знака на тази годишнина. Значително се подобрява и материално-техническата база: измазва се вътрешната част и фасадата на училищната сграда; монтиран е стенописан фриз във фоайето на ІІ-ия етаж, изработен от пловдивския художник Иван Ламбров; доцент Ангел Карагьозов – художник от Стара Загора изработва витраж, монтиран на стълбището и др. Общинският съвет оценява всеотдайния труд на настоящи и бивши ученици, традициите и успехите на училището, присъждайки му Голямата награда на град Ямбол. Тази престижна награда се дава за първи път на учебно заведение, което още веднъж доказва приноса на училище “Св. св. Кирил и Методий” в обществения живот на града и страната ни.
През учебната 1998/99 година в училището се въвежда ранно чуждоезиково обучение в І клас. Сформират се 8 групи СИП според желанията на родители и ученици.
През 1999 г., за първи път в града ни, в училището стартира Програма “Стъпка по стъпка” в две паралелки І клас. Материалите за работа и оборудването на класните стаи е обезпечено от Фондация “Стъпка по стъпка”.
През учебната 1999/2000 година чрез Националната агенция “Сократ” училището се включва в тригодишен проект “Училища в Европа”. По програмата работят две паралелки ІІ клас, партнирайки си с училища в Италия, Франция, Германия, Португалия. Води се кореспонденция чрез електронна поща. Проектът е финансиран от Европейската комисия по образование. Учениците от ІІІ”б” клас започват издаването на вестник “Детски свят”.
През учебната 2000/2001 година много деца от училището участват в престижни математически състезания, литературни конкурси и конкурси за детска рисунка. Най-големият успех за училището е ІІ място на отбора по математика – ІV клас- от Пролетния турнир “Акад. К. Попов” – Велики Преслав. Индивидуално Галин Статев е класиран на І място. Училищното настоятелство учредява награда на името на св. св. Кирил и Методий, която връчва на отбора по математика ІV клас: Галин Статев, Георги Додов, Милен Краев и Светлин Димов.
През учебната 2001/2002 г. успешно продължава реализирането на двата проекта с неправителствени организации – Програма “Стъпка по стъпка” и “Училища в Европа”. Проектът “Училища в Европа” навлиза в последния си етап. Чрез електронна поща учениците установяват контакти с училище във Франция и участват в съвместни мероприятия с Френския информационен център в града. Учредената от училищното настоятелство награда на името на св. св. Кирил и Методий е връчена на учениците: Юлия Александрова, Димитър Даскалов, Стефан Чобанов и Ива Недялкова.